Оперативный и последующий финансовый контроль в рамках Министерства Финансов Российской Федерации осуществляют Департамент государственного финансового контроля и аудита (бывшее Контрольно-ревизионное управление) и Главное управление федерального казначейства.
Департамент государственного финансового контроля и аудита является старейшим структурным подразделением Министерства Финансов России и имеет своих представителей во всех субъектах Российской Федерации, вплоть до городов и районов. Департамент государственного финансового контроля и аудита Министерства Финансов России и его органы на местах укомплектованы, в основном, контролерами-ревизорами высочайшей квалификации, имеющих опыт практической работы. Его руководители (особенно главные контролеры-ревизоры Департамента государственного финансового контроля и аудита Министерства Финансов России по областям, краям и республикам) назначаются, как правило, из числа контролеров-ревизоров, имеющих огромный опыт практической работы.
Четко налаженную систему работы Департамента государственного финансового контроля и аудита Министерства Финансов России практически не смогли разрушить даже «горе реформаторы». Только благодаря этой разветвленной системе и опытным кадрам, в самых запутанных и сложных делах, особенно по заданиям правоохранительных органов, могут разобраться и довести дело до суда только контролеры-ревизоры Департамента государственного финансового контроля и аудита. Потому они до сих пор имеют широчайшую известность и авторитет.
В своей повседневной деятельности контролеры-ревизоры Департамента государственного финансового контроля и аудита Министерства Финансов России осуществляют контроль за целевым и рациональным использованием бюджетных средств в министерствах, ведомствах, государственных учреждениях, предприятиях и организациях, а также в хозрасчетных коммерческих структурах, получающих средства из бюджетов всех уровней и внебюджетных фондов.
Контролеры-ревизоры Департамента государственного финансового контроля и аудита Министерства Финансов России осуществляют контроль за эффективным использованием государственной собственности, а также за полнотой поступления доходов от внешнеэкономической деятельности и рациональностью расходов на международную деятельность [11, c. 52].
Кроме того, по просьбе руководителей субъектов Российской Федерации и местных органов власти (с учетом закона о местном самоуправлении) контролеры-ревизоры Департамента государственного финансового контроля и аудита Министерства Финансов России проводят комплексные ревизии и проверки исполнения смет и соблюдения финансовой дисциплины в местных администрациях и подведомственных им учреждениях и организациях.
Главное управление федерального казначейства Министерства Финансов России призвано осуществлять государственную бюджетную политику и управлять процессом исполнения федерального бюджета, осуществляя при этом жесткий контроль за поступлением, а также целевым и экономным использованием государственных средств. История казначейства начинается до революционных времен. Департамент государственного казначейства в системе Министерства Финансов (в то время) был основным и имел очень высокие полномочия. Между 1917 и 1991 годами исполнением Государственного бюджета занимался Государственный банк и действовала система кассового исполнения бюджета. 8 декабря 1992 года издан указ президента «о казначействе». 27 августа 1993 года издано постановление правительства, которое утвердило положение о федеральном казначействе, которым были определены структура федерального казначейства, его задачи, функции, права и обязанности. В 1995 году органы федерального казначейства действовали только в 20 субъектах Российской Федерации. В 1996 году - 65 субъектов Российской Федерации. В настоящее время все субъекты Российской Федерации исполняют федеральный бюджет по казначейской системе. На органы федерального казначейства возложены следующие задачи: