Определенные проблемы могут возникнуть и при возврате государственной пошлины. Ранее возврат государственной пошлины производился по заявлениям, подаваемым в налоговый орган. К заявлениям о возврате государственной пошлины прилагались решения, определения, справки, являющиеся основанием для полного или частичного возврата, а также платежные поручения или квитанции с подлинной отметкой банка, подтверждающей уплату. После проверки поступивших в налоговые органы заявлений и документов на возврат государственной пошлины налоговый орган в течение 30 дней со дня их поступления выносил решение. При этом налоговым органом обязательно отслеживался факт поступления на соответствующий бюджетный счет суммы государственной пошлины по конкретному платежному документу.
В настоящее время этот порядок не претерпел существенных изменений. В соответствии с утвержденным Порядком учета поступлений в бюджетную систему Российской Федерации органы Федерального казначейства осуществляют непосредственно учет поступлений, их распределение по кодам бюджетной классификации, а также оформляют платежные поручения на возврат плательщикам поступлений по представлению администраторов платежей.
Налоговые органы принимают заявления о возврате государственной пошлины, в том числе не администрируемой налоговыми органами, с полным пакетом документов, предусмотренных п.3 ст.333.40 Налогового Кодекса РФ. К заявлению в обязательном порядке прилагается распоряжение администратора поступлений в бюджет по форме. При этом в соответствии с п.6 ст.333.40 НК РФ зачет суммы излишне уплаченной (взысканной) государственной пошлины, не администрируемой налоговыми органами, в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия, производится по заявлению, предъявляемому в уполномоченный орган, в который он обращался за совершением юридически значимого действия. То есть зачет госдарственной пошлины в этом случае производится без участия налогового органа.На основании полного пакета документов, представленного налогоплательщиком, налоговый орган проставляет на распоряжении администратора свою отметку, предусмотренную формой распоряжения, и направляет его в орган Федерального казначейства. После направления распоряжения администратора поступлений в бюджет о возврате государственной пошлины на исполнение в органы Федерального казначейства налоговый орган уведомляет об этом налогоплательщика в письменной форме.
Таким образом, в современных условиях, когда администраторами государственной пошлины являются различные государственные органы, налоговые органы не имеют возможности произвести проверку факта поступления конкретной суммы государственной пошлины и поэтому возложение на них обязанностей по ее возврату ст.333.40 Налогового Кодекса РФ является, по меньшей мере, нелогичным. Такой механизм требует большого объема дополнительной работы всех участвующих в процессе возврата органов и должностных лиц по идентификации плательщиков, уточнению конкретных сумм средств, подлежащих возврату, а также проверке правомерности возврата.
В заключение необходимо отметить и некоторое методологическое противоречие законодательных норм по уплате государственной пошлины. С одной стороны, государственная пошлина - сбор, предусмотренный Налоговым Кодексом РФ. С другой стороны, администрирование большей части государственной пошлины осуществляется не налоговыми органами, а другими органами - администраторами, не являющимися в соответствии с НК РФ участниками налоговых правоотношений.
Очевидно, что формирующаяся система нормативного регулирования администрирования государственной пошлины не может быть признана удовлетворительной, так как является весьма противоречивой, а также затратной как для плательщиков, так и для государства.
В Постановлении от 26 июля 2007 г. N 45 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами положений главы 25.1 Налогового кодекса Российской Федерации в части взыскания сборов за пользование объектами водных биологических ресурсов" Пленум Высшего Арбитражного Суда РФ предложил судебным органам подходы к решению двух основных проблем, возникающих при администрировании сборов за пользование водными биоресурсами.